espaloma

Contents:

  • Installation
  • Deploy espaloma 0.2.0 force field to parametrize your MM system
  • Atom typing recovery experiment.
  • Toy experiment: Molecular mechanics (MM) fitting on subsampled PhAlkEthOH dataset.
  • Quantum mechanics (QM) fitting experiment.
  • API Documentation
espaloma
  • »
  • Python Module Index

Python Module Index

e
 
e
- espaloma
    espaloma.data
    espaloma.data.collection
    espaloma.data.dataset
    espaloma.data.md
    espaloma.data.md17_utils
    espaloma.data.normalize
    espaloma.data.qcarchive_utils
    espaloma.data.utils
    espaloma.graphs
    espaloma.graphs.deploy
    espaloma.graphs.graph
    espaloma.graphs.legacy_force_field
    espaloma.graphs.utils
    espaloma.graphs.utils.offmol_indices
    espaloma.graphs.utils.read_heterogeneous_graph
    espaloma.graphs.utils.read_homogeneous_graph
    espaloma.graphs.utils.regenerate_impropers
    espaloma.mm
    espaloma.mm.angle
    espaloma.mm.bond
    espaloma.mm.energy
    espaloma.mm.functional
    espaloma.mm.geometry
    espaloma.mm.nonbonded
    espaloma.mm.torsion
    espaloma.nn
    espaloma.nn.baselines
    espaloma.nn.layers
    espaloma.nn.layers.dgl_legacy
    espaloma.nn.readout
    espaloma.nn.readout.base_readout
    espaloma.nn.readout.charge_equilibrium
    espaloma.nn.readout.graph_level_readout
    espaloma.nn.readout.janossy
    espaloma.nn.readout.node_typing
    espaloma.nn.sequential

© Copyright 2020, Yuanqing Wang @ choderalab // MSKCC..

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.