espaloma
Contents:
Installation
Deploy espaloma 0.2.0 force field to parametrize your MM system
Atom typing recovery experiment.
Toy experiment: Molecular mechanics (MM) fitting on subsampled PhAlkEthOH dataset.
Quantum mechanics (QM) fitting experiment.
API Documentation
espaloma.mm
espaloma.nn
espaloma.graphs
espaloma.data
espaloma.data.collection
espaloma.data.dataset
espaloma.data.md
espaloma.data.md17_utils
espaloma.data.normalize
espaloma.data.qcarchive_utils
espaloma.data.utils
espaloma.data.utils.batch
espaloma.data.utils.collate_fn
espaloma.data.utils.from_csv
espaloma.data.utils.infer_mol_from_coordinates
espaloma.data.utils.make_temp_directory
espaloma.data.utils.normalize
espaloma.data.utils.split
espaloma.data.utils.sum_offsets
espaloma
»
API Documentation
»
espaloma.data
»
espaloma.data.utils
»
espaloma.data.utils.infer_mol_from_coordinates
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espaloma.data.utils.infer_mol_from_coordinates
espaloma.data.utils.
infer_mol_from_coordinates
(
coordinates
,
species
,
smiles_ref
=
None
,
coordinates_unit
=
'angstrom'
)
[source]